L'histoire est issue d'un jeu d'action et d'aventure qui raconte les pérégrinations dans le temps de Desmond Miles. Kidnappé par une organisation secrète, le héros découvre que ses ancêtres étaient tous des assassins aguerris. Grâce à une machine nommée «l'animus», Desmond Miles devra retrouver l'histoire de sa famille ainsi que cinq objets ayant appartenu au passé de ses ancêtres. Pour cela, il devra revivre leurs expériences: celle d'Altaïr, assassin ayant vécu en Terre Sainte au XIIe siècle lors de la troisième croisade, celle d' Ezio Auditore dans l'Italie du XVe siècle et celle de Connor Kenway, tueur professionnel aux Etats-Unis pendant le XVIIIe siècle.